پس از اینکه پژوهشگر حاصل تحقیقات و دستاوردهای خود را به صورت یک مقاله به تحریر در آورد و کار نگارش مقاله را به اتمام رساند نوبت این است که مقاله خود را به مجله انتخابی ارسال کند. نحوه ارسال و سابمیت مقاله به دو شکل کلی انجام می گیرد. توجه داشته باشید که روش های ارسال مقاله تاثیری در اعتبار یا عدم اعتبار مجلات ندارد فقط میزان دسترسی آنها به امکانات را نشان می دهد.
برخی مجلات سیستم مکانیزه ویژه ای راه اندازی نموده اند که دانش پژوه ابتدا با نام کاربری و کلمه عبور ثبت نام اولیه را انجام می دهد و پس از طی کردن یک سری مراحل پیوسته کارتابل ویژه ای برای وی در نظر گرفته خواهد شد. پژوهشگر از آن پس تمامی مکاتبات خود را با مجله هدف با وارد شدن در همین بخش انجام خواهد داد. نحوه طراحی این سیستم مکانیزه به شکلی است که هر گونه اصلاح و یا تغییری بر روی مقاله اعمال گردد در همین سیستم برای محقق قابل روئیت می باشد و نسبت به آخرین وضعیت مقاله خود اطلاع می یابد.
در این روش ارسال یا سابمیت مقاله، دانش پژوه از طریق ایمیل اقدام به ارسال مقاله خواهد نمود. البته توجه داشته باشید که پژوهشگر قبل از اینکه بخواهد مقاله را ارسال کند باید از بخش توضیحات مجله نحوه فرمت بندی مقالات را مورد مطالعه قرار دهد و پس از تنظیم نهایی فرمت بندی محتوایی و فرمت بندی ساختاری مقاله، آن را به ژورنال علمی ارسال کند. برخی مجلات علمی پس از اینکه ایمیل ارسالی را تحویل گرفتند کد اختصاصی برای پژوهشگر قرار می دهند تا مکاتبات از آن طریق انجام گیرد.
سخت ترین مرحله چاپ مقاله مربوط به داوری مقالات است. داوران افرادی ناشناس هستند که بدون جانبداری از نویسندگان، مقالات آنها را مورد نقد و بررسی قرار می دهند. گاهی ایراداتی که داوران بر مقاله وارد می کنند ایراداتی اساسی است که در این صورت رفع این ایرادات وارد شده را بر عهده ادیتور می گذارند.
رد مقاله یا به اصطلاح ریجکت شدن مقاله به این معنی نیست که مقاله شما ارزش علمی ندارد. شما می توانید نظرات داوران را در کار علمی خود وارد کرده و مقاله را به مجله دیگری ارسال کنید.
بهترین اتفاق در مرحله چاپ مقاله این است که نامه از سوی مجله به نویسنده مقاله ارسال گردد مبنی بر اینکه مقاله شما توسط مجله اکسپت شده است. به این ترتیب فرآیند اصلی چاپ شروع می شود.
دانشجویان مقطع تحصیلی دکتری جهت دفاع از تز خود ملزم به چاپ مقاله در ژورنال علمی پژوهشی هستند.
متقاضیان هیئت علمی حتما باید مقاله علمی پژوهشی در رزومه خود داشته باشند.
داشتن مقاله علمی پژوهشی به منزله نخبه بودن دانشجو است و زمینه استفاده از تسهیلات ویژه مانند دریافت وام های دانش بنیان را فراهم می آورد. ضمن اینکه در معافیت سربازی نیز تاثیر دارد.